Portul Militar Mangalia, situat mai aproape de granița cu Bulgaria, are un rol mai specializat decât Constanța. Acesta găzduiește în primul rând Divizia 150 de bărci cu rachete și alte unități navale tactice. Mangalia funcționează mai puțin ca centru de comandă și mai mult ca bază operațională și de întreținere pentru anumite categorii de nave. Apropierea sa de șantierele navale Mangalia și 2 Mai a legat istoric, de asemenea, zona de construcții navale, activități de reparații și suport tehnic pentru flotă. Există, de asemenea, o distincție istorică importantă. În timpul Războiului Rece, Mangalia a avut o însemnătate strategică mai mare decât o are astăzi, servind drept una dintre bazele avansate ale Marinei Române în cadrul sistemului defensiv al Pactului de la Varșovia. În timp ce Constanța concentra infrastructura strategică și logistica, Mangalia era situată mai aproape de zona în care se aștepta o potențială confruntare navală în vestul Mării Negre. În urma aderării României la NATO, rolul Constanței s-a extins mult mai rapid decât cel al Mangaliei. O mare parte din investițiile aliate, exercițiile multinaționale și infrastructura de interoperabilitate a fost concentrată în Constanța și la Baza Aeriană Mihail Kogălniceanu. Mangalia, în schimb, a rămas importantă în primul rând pentru operațiunile tactice de coastă, supravegherea maritimă și activitățile de sprijin pentru anumite categorii de nave navale. Din perspectiva războiului din Ucraina, Constanța este de departe infrastructura cea mai semnificativă din punct de vedere strategic. Funcționează împreună cu portul comercial, facilitățile NATO de la Mihail Kogălniceanu și coridorul logistic Dunăre-Marea Neagră. Mangalia rămâne importantă din punct de vedere militar, dar mai ales ca bază navală complementară și o componentă a sistemului de apărare de coastă al României, mai degrabă decât ca principal centru logistic și de comandă al regiunii.